San Timoteo, el discípulo amado de San Pablo, era originario de Listria de Licaonia. Su padre era un gentil griego; su madre, que se llamaba Eunice, era judía y abrazó el cristianismo junto con la abuela de Timoteo. San Pablo alaba la fe de esas dos mujeres.
Desde su juventud, nuestro santo se había entregado al estudio de la Sagrada Escritura y, cuando San Pablo se hallaba predicando en Licaonia, los cristianos de Iconio y Listria le hicieron tales alabanzas del buen natural de Timoteo, que el Apóstol le tomó por compañero para sustituir a Bernabé. Aquella adopción dio motivo para que el "Apóstol de las Gentes" pusiera de manifiesto su celo y su prudencia, porque si bien poco antes se había negado a hacer circuncidar a un tal Tito, cuyos padres eran gentiles, con el propósito de demostrar la libertad del Evangelio y refutar a quienes sostenían que el rito de la circuncisión seguía siendo un precepto en la Nueva Ley, hizo que se circuncidara, en cambio, Timoteo, hijo de una judía, estimando que con ello le haría más aceptable a los ojos de los judíos y, al mismo tiempo demostraba que no era enemigo de la ley. San Crisóstomo alaba la prudencia que mostró en esto San Pablo. A ello añadiremos nosotros la alabanza a la obediencia de su discípulo San Pablo impuso las manos a Timoteo y le confió el ministerio de la predicación. A partir de ese momento, vio en él no sólo a un discípulo e hijo muy querido, sino a un hermano y compañero en el trabajo. San Pablo le llamaba hombre de Dios, y en su epístola a los Filipenses dijo que nadie le estaba más unido en espíritu que Timoteo.
San Pablo visitó después de Listra todo el resto de Asia Menor. Embarcó con rumbo a Macedonia y predicó en Filipos, Tesalónica y Berea. Acosado por el furor de los judíos, tuvo que abandonar esta última ciudad, dejando ahí a Timoteo para que confirmara en la fe a los neófitos. Al llegar a Atenas mandó a buscarle; pero, al saber que los cristianos de Tesalónica sufrían una cruel persecución, le envió a Timoteo, como su representante, para animarles. Timoteo se reunió con San Pablo en Corinto para darle cuenta de sus triunfos. El Apóstol escribió entonces su primera epístola a los tesalonicenses. Después continuó sus viajes: de Corinto fue a Jerusalén y luego a Efeso, donde permaneció dos años. El año 58 proyectaba volver a Grecia y decidió enviar por delante a Timoteo y a Erasto con instrucciones para que atravesaran Macedonia, anunciando a los fieles su próxima visita, y recogiendo las limosnas que se proponía mandar a los cristianos de Jerusalén.
Después de este viaje, Timoteo se dirigió a Corinto, donde su presencia era necesaria para reavivar entre los fieles las enseñanzas de su maestro. Es indudable que la recomendación que hace San Pablo de su discípulo (en I Cor. 16:10), está relacionada con este viaje. El apóstol esperó en Asia Menor a Timoteo, y, al reunirse, partieron juntos a Macedonia y Acaya. Timoteo se separó de él en Filipos y volvió a reunírsele en Troya. San Pablo fue arrestado a su regreso a Palestina y enviado a Roma, después de dos años de prisión en Cesárea. Timoteo parece haber estado con él casi todo el tiempo, y San Pablo le nombra en el encabezado de sus epístolas a Filemón y a los Filipenses. Timoteo fue también hecho prisionero por Cristo y confesó Su nombre en presencia de muchos testigos, pero se le dejó en libertad. Fue elegido obispo, según parece, por especial inspiración del Espíritu Santo. Cuando San Pablo regresó de Roma, dejó a Timoteo al frente de la Iglesia de Efeso para acabar con los falsos maestros y ordenar sacerdotes, diáconos y aun obispos. San Juan Crisóstomo y otros padres suponen que el apóstol confió a Timoteo todas las iglesias de Asia. Todos hablan de Timoteo como del primer obispo de Efeso.
San Pablo escribió su primera carta a Timoteo desde Macedonia; la segunda desde Roma, donde estaba prisionero, pidiéndole que fuera a verle a la capital del Imperio antes de su muerte. Esta segunda carta es una explosión de ternura de San Pablo por su discípulo: le alienta en sus dificultades, procura reavivar en él la intrepidez y el fuego del Espíritu Santo que la ordenación le había dado, le da instrucciones sobre los falsos hermanos de aquella época y predice nuevos desórdenes y dificultades en la iglesia.
San Timoteo sólo bebía agua; pero, como su salud se resintiera por las grandes austeridades, San Pablo le aconsejó que tomara un poco de vino. San Juan Crisóstomo comenta: "No le dijo simplemente: "Toma vino," sino "Toma un poco de vino"; y esto no porque Timoteo necesitara tal consejo, sino porque nosotros lo necesitamos." San Timoteo era todavía joven por entonces; tenía alrededor de cuarenta años, según parece. No es por lo tanto difícil que haya ido a Roma a ver a su maestro. Debemos suponer que Timoteo fue nombrado obispo de Efeso por San Pablo, antes de la llegada de San Juan a esa ciudad. Una firme tradición afirma que San Juan ejerció también el apostolado en Efeso y que supervisaba todas las iglesias de Asia.
San Timoteo fue apedreado y apaleado por los paganos al manifestar su oposición a sus ceremonias. En efecto, el 22 de enero se celebraba la fiesta llamada Katagogia, y ese día los paganos recorrían en grupos la ciudad, llevando en una mano un ídolo y en la otra un palo. Existen pruebas de que las supuestas reliquias de San Timoteo fueron trasladadas a Constantinopla, durante el reinado de Constancio. San Juan Crisóstomo y San Jerónimo hacen alusión a los portentos sobrenaturales que tuvieron lugar en el santuario de Constantinopla, como a una cosa por todos conocidos.